Das biologische Monitoring und die daraus resultierende biozönotische Bewertung sollen Rückschlüsse auf den Zusammenhang zwischen bestimmten Belastungen der Gewässer und dem Zustand der einzelnen biologischen Qualitätskomponenten ermöglichen. Hintergrund ist, dass die einzelnen biologischen Qualitätskomponenten Indikatoren für verschiedene Belastungen darstellen.

Das Makrozoobenthos wird für die meisten der Fließgewässer in Mecklenburg-Vorpommern als sensibelste Komponente angesehen, die strukturelle Veränderungen und möglichen Abwassereinfluss zuverlässig anzeigt. Daher ist das Makrozoobenthos die Basiskomponente für das biologische Monitoring in M-V. Als biologischer Indikator für die Nährstoffbelastung wird in der Regel die Gewässerflora (Qualitätskomponente Makrophyten/Phytobenthos) als Indikator genutzt. Insbesondere die Teilkomponente Diatomeen gilt als guter Indikator für die Trophie, Saprobie und Versalzung. Die Fischfauna ist ähnlich wie das Makrozoobenthos ein guter Anzeiger für strukturelle Belastungen, wird aber vor allem als Indikator für die Durchgängigkeit der Fließgewässer genutzt.

In vielen Gewässern sind verschiedene Belastungen gemeinsam verantwortlich für das Verfehlen des guten Zustands/Potenzials (beispielsweise strukturelle und Nährstoff­belastungen), so dass an diesen Stellen die Betrachtung mehrerer Qualitätskomponenten erfolgt.